El área posee una gran diversidad de hábitats terrestres con parches de bosques primarios y con numerosos hábitats de agua dulce y marinos, que incluye el arrecife de coral que se conserva en mejores condiciones en la Costa Atlántica de Costa Rica.
Por sus condiciones naturales, la región constituye una atracción para científicos y visitantes en busca de recreación.
Entre Gandoca y Punta Cocles hay rocas del periodo cuaternario, incluyendo rocas sedimentarias que se encuentran en depósitos fluviales y costeros muy evidentes.
El refugio forma parte de una unidad litoral de origen marino, llamada plataforma de coral sumergido, así como también por una llanura. El mismo con características de pantano.

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National Parks
Refugio Nacional de Fauna Silvestre Gandoca Manzanillo